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Logiciel de comptabilité Suisse 2026 : Le grand comparatif

Quel logiciel de comptabilité convient vraiment à votre raison individuelle ? Nous comparons bexio, Banana, Magic Heidi, Milkee et einzly — honnêtement, en toute transparence et avec une recommandation claire.

eR
einzly Redaktion
Rédaction
12 min de lecture
9 mars 2026
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ComparatifComptabilitéSuisseRaison individuelle2026

01Pourquoi ce comparatif ?

En tant que raison individuelle ou indépendant/e, vos besoins sont différents de ceux d'une PME de 20 collaborateurs. Pourtant, de nombreux sites de comparaison recommandent les mêmes outils — que vous soyez freelance ou que vous dirigiez une équipe de 50 personnes. Résultat : vous payez pour des fonctionnalités dont vous n'avez jamais besoin.

Dans ce comparatif, nous nous concentrons exclusivement sur les besoins des raisons individuelles et des indépendants en Suisse. Nous comparons cinq fournisseurs : bexio, Banana, Magic Heidi, Milkee et einzly.

Note de transparenceCe comparatif est publié par einzly. Nous essayons néanmoins d'être aussi objectifs que possible et mentionnons honnêtement les points forts des autres fournisseurs.


02De quoi une raison individuelle a-t-elle vraiment besoin ?

Avant de choisir un outil, posez-vous la question : de quoi avez-vous vraiment besoin ? La plupart des raisons individuelles n'ont besoin ni de gestion de stock, ni de comptabilité salariale, ni de gestion de projet. Ce dont elles ont besoin :

  • Créer des factures QR suisses — conformes à la loi, avec bulletin de versement correct
  • Devis et commandes — professionnels, avec votre propre papier à en-tête
  • Saisir les dépenses — simplement et clairement
  • Décompte TVA — calculé automatiquement si assujetti à la TVA
  • Bouclement annuel — pour la déclaration d'impôts
  • Relances — rappels de paiement automatiques
  • Multilingue — factures en DE, FR, IT ou EN
La règle d'orSi vous travaillez seul/e et réalisez moins de CHF 500'000 de chiffre d'affaires, vous n'avez pas besoin de comptabilité en partie double. Un simple compte de recettes et dépenses suffit — et votre outil devrait faire exactement cela, sans vous submerger de complexité.


03Les 5 fournisseurs en un coup d'oeil

bexio — Le leader du marché pour les PME

bexio est le logiciel de comptabilité le plus connu en Suisse — et positionné en conséquence. L'outil s'adresse principalement aux PME avec des équipes et offre tout, de la comptabilité salariale à la gestion de stock en passant par la gestion de projet.

  • Prix : Dès CHF 35/mois (Basic) à CHF 65/mois (Pro)
  • Points forts : Énorme éventail de fonctionnalités, nombreuses intégrations, connexion bancaire
  • Points faibles pour les indépendants : Trop complexe, trop cher, nombreux modules inutilisés
  • Verdict : Idéal pour les PME avec des employés. Surdimensionné pour les raisons individuelles.

Banana — Le classique de bureau

Banana existe depuis plus de 20 ans. Le logiciel fonctionne localement sur l'ordinateur et est particulièrement apprécié des fiduciaires. Ceux qui ont des connaissances en comptabilité s'y retrouvent facilement.

  • Prix : Gratuit (limité) à CHF 149 achat unique
  • Points forts : Achat unique, fonctions de comptabilisation puissantes, utilisable hors ligne
  • Points faibles pour les indépendants : Courbe d'apprentissage raide, pas de factures QR suisses prêtes à l'emploi, pas d'accès cloud, pas d'envoi par e-mail
  • Verdict : Pour les professionnels de la comptabilité et les fiduciaires. Difficile pour les indépendants sans connaissances préalables.

Magic Heidi — Le focus freelance

Magic Heidi a été conçu spécialement pour les freelances suisses et propose des applications natives pour iOS, Android, Mac et Windows. L'outil se distingue par le scan de justificatifs par IA et un design soigné.

  • Prix : CHF 30/mois ou CHF 299/an
  • Points forts : Applications natives sur toutes les plateformes, scan de justificatifs par IA, design moderne
  • Points faibles : Pas de bouclement annuel automatique, pas de relances automatiques, pas de suivi des liens, pas de personnalisation du papier à en-tête
  • Verdict : Outil solide pour les freelances qui veulent surtout travailler sur leur téléphone.

Milkee — Le couteau suisse

Milkee se positionne comme un logiciel de comptabilité simple pour les indépendants suisses et offre le suivi du temps, la gestion des clients et le scan de justificatifs par IA.

  • Prix : Dès CHF 24.90/mois (Basic) à CHF 49.90/mois (Scale). Connexion bancaire CHF 15/mois en supplément.
  • Points forts : Suivi du temps, comptabilité en partie double possible, scans IA
  • Points faibles : Basic sans devis ni TVA, limite de chiffre d'affaires CHF 500k, seulement 14 jours d'essai, pas de relances automatiques
  • Verdict : Bon couteau suisse, mais les fonctionnalités importantes coûtent vite CHF 35+/mois.

einzly — Conçu pour les raisons individuelles

einzly a été développé de A à Z pour les raisons individuelles et les indépendants suisses. L'accent est mis sur la simplicité : factures, devis, dépenses, TVA et bouclement annuel — tout ce dont vous avez besoin, sans ce dont vous n'avez pas besoin.

  • Prix : CHF 9/mois (Basis) ou CHF 15/mois (Pro). Annuellement dès CHF 6.67/mois.
  • Points forts : Prix le plus bas, toutes les fonctionnalités incluses, relances automatiques, suivi des liens, papier à en-tête personnalisé, bouclement annuel automatique, 30 jours gratuits
  • Points faibles : Pas d'application native (application web avec intégration écran d'accueil), pas de scan de justificatifs par IA, pas de connexion bancaire
  • Verdict : La solution la moins chère et la plus simple pour les raisons individuelles sans connaissances comptables.


04Le grand comparatif des fonctionnalités

Le tableau suivant présente les fonctionnalités les plus importantes pour les raisons individuelles en comparaison directe. Nous nous concentrons sur ce qui compte vraiment pour les indépendants solo.

FonctionnalitébexioBananaMagic HeidiMilkeeeinzly
Prix/moisDès CHF 35Achat uniqueCHF 30Dès CHF 24.90Dès CHF 9
Prix/anDès CHF 420CHF 69–149CHF 299Dès CHF 299Dès CHF 80
Factures QR suissesLimité
DevisBusiness+ uniquement
Décompte TVABusiness+ uniquement✓ Automatique
Bouclement annuel✓ Automatique
Relances automatiques
Suivi des liens
Factures partielles
Papier à en-tête personnaliséLimitéBusiness+ uniquement
Envoi par e-mail
Utilisation mobileApp✗ Desktop✓ Apps natives✓ AppApp écran d'accueil
Scan de justificatifs IA
Connexion bancaire✓ (Advanced+)+CHF 15/mois
Suivi du temps
MultilingueDE/FR/ENOuiDE/FR/IT/ENDE/FRDE/FR/IT/EN
Essai gratuit30 joursVersion gratuite3 factures14 jours30 jours
Connaissances comptablesRecommandéesRequisesPas nécessairesPas nécessairesPas nécessaires


05Combien ça coûte vraiment ? Le comparatif des prix

Le prix affiché sur le site n'est pas toujours le prix que vous payez au final. Chez certains fournisseurs, des fonctionnalités importantes manquent dans le forfait de base — vous devez passer à un forfait supérieur ou réserver des options supplémentaires.

FournisseurPrix de base/moisToutes fonctionnalités/moisAnnuellement (toutes fonctionnalités)
bexioCHF 35 (Basic)CHF 52+ (Advanced)CHF 624+
BananaAchat unique CHF 69–149Achat uniqueAchat unique
Magic HeidiCHF 30CHF 30CHF 299
MilkeeCHF 24.90 (sans TVA/devis)CHF 34.90+ (Business)CHF 419+
einzlyCHF 9 (Basis)CHF 15 (Pro)CHF 80 (Basis) / CHF 144 (Pro)
Calculez sur l'annéeLes coûts annuels sont la comparaison la plus juste. einzly Basis coûte CHF 80/an — soit CHF 6.67/mois. Même le plus cher einzly Pro (CHF 144/an) est moins cher que le forfait le moins cher de tout autre fournisseur.


06Quel outil pour quel profil ?

1
Vous avez des employés et besoin de comptabilité salariale ?

bexio est le bon choix. Aucun autre outil de ce comparatif ne propose la comptabilité salariale.

2
Vous êtes fiduciaire ou professionnel de la comptabilité ?

Banana vous donne un contrôle total sur chaque écriture comptable. Si vous savez ce que vous faites, c'est un outil puissant.

3
Vous travaillez beaucoup en déplacement et voulez des apps natives ?

Magic Heidi a les meilleures applications natives (iOS, Android, Mac, Windows) et le scan de justificatifs par IA.

4
Vous avez besoin de suivi du temps et de gestion de projet ?

Milkee offre le suivi du temps et la gestion de projet dans un seul outil.

5
Vous voulez quelque chose de simple, abordable et complet ?

einzly vous offre factures, devis, TVA, bouclement annuel, relances automatiques et suivi des liens — dès CHF 6.67/mois.



07Il vous manque une fonctionnalité ? Dites-le-nous !

Aucun outil n'est parfait — et nous ne faisons pas exception. C'est pourquoi nous avons intégré la fonction demande de fonctionnalité dans einzly : directement dans le tableau de bord, vous pouvez nous dire quelle fonction vous manque. Chaque demande est lue, priorisée et — si elle correspond à notre vision — développée rien que pour vous.

Oui, vous avez bien lu : nous développons votre fonctionnalité souhaitée — exclusivement pour vous, avec un petit supplément mensuel. Et le meilleur : einzly ne coûtera jamais plus de CHF 25/mois. Peu importe combien de fonctionnalités vous ajoutez. C'est notre promesse.

De nombreuses fonctionnalités d'einzly sont nées directement du feedback de nos utilisateurs. Les factures partielles, les factures en devises étrangères et le téléchargement des CGV — toutes des demandes de fonctionnalités qui ont été mises en ligne en quelques semaines.

Votre fonctionnalité personnelleVous avez besoin d'une adaptation spéciale pour votre activité ? Chez einzly, nous développons des fonctionnalités individuelles — rien que pour vous, avec un petit supplément, mais jamais plus de CHF 25/mois au total. Des mises en page de papier à en-tête aux modèles de factures spéciaux. Écrivez-nous simplement.


08Changer de fournisseur — en 3 étapes

Le passage à einzly est volontairement simple. Vous n'avez pas besoin de tout retaper — vous pouvez importer vos données clients par téléchargement CSV.

1
Exporter les données clients

Exportez vos clients de votre outil actuel sous forme de fichier CSV. Cela se fait en quelques clics chez bexio, Milkee, Magic Heidi et Banana.

2
S'inscrire sur einzly

Créez votre compte en 30 secondes. Pas de carte de crédit nécessaire — vous avez 30 jours pour tout tester gratuitement.

3
Télécharger le CSV et c'est parti

Importez vos données clients par téléchargement CSV directement dans einzly. Votre première facture QR suisse est créée en quelques secondes.

Conseil : testez en parallèleVous n'avez pas besoin de résilier votre outil actuel immédiatement. Testez einzly pendant 30 jours en parallèle et ne changez que lorsque vous êtes convaincu/e.


09Conclusion : le meilleur outil pour votre raison individuelle

Il n'existe pas le meilleur logiciel de comptabilité — il existe le meilleur pour vous. Si vous dirigez une PME avec des employés, bexio est le bon choix. Si vous êtes un professionnel de la comptabilité, Banana offre la profondeur dont vous avez besoin.

Mais si vous êtes une raison individuelle ou un/e indépendant/e à la recherche d'un outil qui fonctionne simplement, couvre l'essentiel et reste abordable — alors einzly est l'option la plus forte sur le marché. Dès CHF 6.67/mois, vous obtenez des factures QR suisses, des devis, des relances automatiques, le suivi des liens, le décompte TVA et le bouclement annuel. Sans connaissances préalables, sans superflu.

Testez einzly gratuitement pendant 30 jours — pas de carte de crédit nécessaire. Et s'il vous manque quelque chose : envoyez une demande de fonctionnalité et nous nous en occupons.



10Questions fréquentes

einzly est la solution complète la moins chère à CHF 9/mois (ou CHF 6.67/mois en facturation annuelle). Banana propose un achat unique mais n'a pas de fonctionnalités cloud et nécessite des connaissances en comptabilité.
Non. En dessous de CHF 500'000 de chiffre d'affaires annuel, un simple compte de recettes et dépenses suffit (CO art. 957). La comptabilité en partie double n'est obligatoire que pour les Sàrl ou les SA.
Oui. Exportez vos données clients au format CSV et importez-les dans einzly. L'inscription prend 30 secondes, l'importation quelques minutes.
bexio, Magic Heidi, Milkee et einzly créent tous des factures QR suisses correctes. Le support de la facture QR est limité chez Banana. einzly offre en plus un papier à en-tête personnalisé, le suivi des liens et des relances automatiques.
L'obligation de tenir des comptes existe dès le premier franc de chiffre d'affaires (CO art. 957). Un outil n'est pas obligatoire, mais facilite considérablement le travail — surtout pour la déclaration d'impôts.
Basis (CHF 9/mois) inclut tout ce dont vous avez besoin : factures, devis, dépenses, TVA, bouclement annuel, relances. Pro (CHF 15/mois) ajoute les devises étrangères, les factures partielles, les statistiques avancées et le support prioritaire.
Pas encore. Le scan de justificatifs par IA est sur notre feuille de route. Si vous avez besoin de cette fonctionnalité, Magic Heidi ou Milkee sont un bon choix.
Oui. Chez einzly, nous développons des fonctionnalités individuelles — exclusivement pour vous, avec un petit supplément mensuel. Et einzly ne coûtera jamais plus de CHF 25/mois, peu importe le nombre de fonctionnalités ajoutées. Des mises en page de papier à en-tête aux modèles de factures — soumettez simplement votre demande dans le tableau de bord.
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